Det årlige arbeidsprogrammet for 2025 beskriver alle programmene som skal gjennomføres for å bidra til ERAs mål.
Programmet for 2025 er en del av arbeidsprogrammet for 2025 til 2027. 
I 2025 skal ERA særlig legge vekt på disse temaene:
- Tekniske og operasjonelle barrierer: Byrået vil arbeide for å redusere tekniske og operasjonelle barrierer innen jernbanemarkedet. Det skal blant annet skje ved at tekniske spesifikasjoner for samtrafikk (TSI-er) skal endres for å være i tråd med tekniske nyvinninger, harmonisering av nasjonale regler mellom medlemsstatene og innføring av det internasjonale signalsystemet ERTMS.
- Sikkerhet: ERA vil styrke sikkerheten på jernbanen gjennom blant annet å utvikle en sikkerhetskultur og følge med på aktiviteten i de nasjonale sikkerhetsmyndighetene.
- Datautvikling og billettsystemer: ERA vil fortsette å fremme utvikling innenfor sammenkoblede datasystemer, samt utvikling i tråd med TSI-ene TAP og TAF. ERA vil fortsette å arbeide med å optimalisere databaser og registre.
- Kommunikasjon og formidling: ERA vil styrke kommunikasjon og formidling av relevant informasjon og kunnskap til interessentene sine, samt ha arrangementer og vise interessante prosjekter og utvikling på jernbanesektoren.
- God styring: ERA vil etterstrebe god styring og effektivitet i alle aktiviteter.