Direktøren utøver den daglege leiinga av Statens jernbanetilsyn. Kongen utnemner direktøren etter innstilling frå samferdselsministeren. Erik Ø. Johnsen er direktør. Tilsynet er fra 1.1.2012 delt inn i fem avdelingar:
- Administrasjon
- Juridisk
- Sikkerhetsstyring og tilsyn
- Teknologi og framføring
- Taubane, park og tivoli
Ein avdelingsdirektør leier kvar av dei fem avdelingane. Direktøren og dei fem avdelingsdirektørane utgjer leiargruppa og kriseteamet i tilsynet.